El molino está situado en el barrio de Abajo, en la margen izquierda del río Pedro y al final del caz, canal de agua que venía de la parte de arriba del río y que, entre otras funciones como riego y fragua, servía para mover la piedra del molino. Las noticias del molino de agua se remontan al siglo XVI, cuando se nos dice a qué familia pertenecía. Con el tiempo, pasó por diversas manos, incluida la iglesia de Ayllón, hasta que, ya en el siglo XIX, pasó a pertenecer al Ayuntamiento, que lo sacaba a subasta. Era un molino modesto pero de gran popularidad y tenía mucho trabajo. Cada vecino que iba a moler pagaba mediante lo que se llamaba la “maquila”, que consistía en que el molinero se quedaba con un porcentaje del grano que llevaba cada vecino. Cuando el molino pasó a manos del pueblo y se redimieron los censos que tenía y se dejaron de decir misas para algunos de sus antiguos poseedores, el municipio destinó esos bienes a caridad. Esto se hacía el día de la segunda fiesta del pueblo, el 11 de junio, día de San Bernabé. Ese día llegaban pobres de toda la comarca y se les daba lo que se conocía como la “caridad”: galletas, queso, vino y otras cosas.